Afin de réaliser ses objectifs le Conseil Scientifique et Technique est composé de 3 commissions spécialisés auxquelles peut prendre part tout membre de l’AAE à jour de ces cotisations ;
Les trois (3) comités spécialisés qui désormais sont :
Le Comité Spécialisé N°1 (CS1) Gestion Management : Chargé des aspects Institutionnels et Juridiques, des Finances, de la Qualité et des Ressources Humaines. Elle s’occupe aussi des questions d’ordres stratégiques de l’Association
Le Comité Spécialisé N°2 (CS2) Gestion Technique de l’Eau : Chargé des aspects technique de l’Eau potable, production, transport, distribution et services la qualité de l’eau, innovations technologiques, aspects normatifs et réglementaires
Le Comité Spécialisé N°3 (CS3) Gestion de l’Assainissement et Environnement : Gestion des boues de vidange, innovations technologiques dans l’assainissement, changement climatique, protection des ressources, pollution et d’autre sujets lié à la veille normative et réglementaire en matière d’assainissement et de l’environnement etc.
Chaque Commission Spécialisée est dirigée par un bureau composé de : Un Président, un Vice-président et 2 rapporteurs (un anglophone et un Francophone) les membres du bureau sont élus pour un mandat de 2 ans renouvelable.
Tout membre de l’AAE à jour de ses cotisations peut désigner parmi son staff des représentants au sein du CST, afin de contribuer activement à la réflexion sur les challenges du secteur de l’eau en Afrique.